Yuuta Takemoto immáron egy éve tanulója egy tokiói művészeti egyetemnek és albérletben lakik egy 25 éves, kicsit lepukkant, de barátságos bérházban. Lakótársai két idősebb egyetemista srác; a majdnem végzett, alapvetően már a felnőttek fejével gondolkodó, magabiztos Mayama és a különc Morita, aki művészet terén ugyan született tehetség, de gyerekes tréfáit, beteges pénzimádatát, állandó terrorját és egyéb sajátos marhaságait meglehetősen nehéz elviselni. Ő egyébként az egyetem rekordere is: személyében megszületik a legendás nyolcadéves diák, többek között annak köszönhetően, hogy néha komoly gondjai adódnak a felkeléssel...

Tanáruk és jó barátjuk, Hanamoto Shuuji "Shuu-chan" Sensei egy nap különös szerzettel állít be az egyetemre: vidékről érkezett unokahúgával, a pöttöm és körülbelül 12 évesnek kinéző Hagumival, akinek érkezése merőben új színt visz környezete életébe. Tavasz lévén Takemoto szinte első látásra fülig szerelmes lesz, de úgy tűnik, ezzel nincs teljesen egyedül... Haguról hamar kiderül, hogy félelmetesen tehetséges és bár mindenki csodálattal figyeli ténykedését, a lány kezdetben mégis nagyon visszahúzódó, saját kis világában él és Shuu-chanon kívül nem igazán nyílik meg senkinek; Yamadát viszont meglepően gyorsan barátnőjévé fogadja.

Yamada is a baráti kör tagja, egy kedves, csinos és végtelenül naiv lány, aki mesterien bánik az agyaggal és saját rajongótáborral bír, mindezek ellenére a szerelemmel mégsincs szerencséje. Olyan szekér után fut, ami nem nagyon akarja felvenni, ezért az alapvetően vidám természetű lány gyakran sírdogál a történet során. Félteni azért nem kell, minden ártatlanságával együtt igencsak veszélyes is tud lenni és ha elragadja a hév, jól célzott rúgásai nyomán Morita néha már a fényt is látni véli az alagút végén...

Ennek a hat embernek az életéből ragad ki és mesél el egy rövid időszakot az anime. Betekintést enged a gondolataikba, örömeikbe és bánataikba; a belső monológok és az érzelmek éppen annyira hangsúlyosak, mint az állandóan jelen lévő humor (amit legmarkánsabban Morita képvisel). Az egyes műfajok megfelelő arányban történő vegyítése nagyon jól sikerült, így a Honey and Clover nézése közben az ember hajlamos azon kapni magát, hogy az egyik szeme sír, a másik pedig nevet.