Sakurada Jun beilleszkedési problémái miatt egy időre nem jár iskolába. Elzárkózik a szobájába, még az utcára sem megy. Egész nap az interneten vásárol mindenféle furcsa és elátkozott dolgot. Egyik nap egy hatalmas doboz érkezik Jun részére. A doboz tartalma: egy gyönyörű baba, ami feltűnűen élethűen néz ki. A baba hirtelen kinyitja szemét , és arra kéri a fiút, hogy legyen a szolgája. Jun először visszautasítja, de amikor a fiú élete veszélybe kerül, végül elfogadja. Ettől kezdve Jun Shinku (így hívják a babát) Medium-ja lesz, aki erőt biztosít a babának az "élethez". Hamar kiderül, miért is képes Shinku "élni" és hogy nem ő az egyetlen ilyen baba...

Régen élt egy Rozen nevű babakészítő, aki egy különös babakollekciót alkotott, mégpedig a Rozen Maiden-t. A kollekció 6 babából áll és megalkotásuk egyetlen célja az volt, hogy az alkotó álma valóra válhasson. Rozen ugyanis megálmodta a tökéletes lányt, Alice-t, akinek nincs párja a világon. Rozen életet adott a babáknak, majd rájuk bízta a Rozen Mysthica-t, és egy "játékot" is. A játék neve Alice Game, melynek lényege: amelyik baba összegyűjti az összes Rozen Maiden Rozen Mysthica-ját, abból Alice válhat és "apjukkal" (alkotójukkal) élhet. Innentől megkezdődik a harc, ami Rozen terveihez képest túl hosszúra nyúlt... Egyre több baba jelenik meg, indulhat az Alice Game, ám időközben már csak egyetlen egy baba kíván harcolni...